Основными участниками программы «Крупномасштабная селекция в скотоводстве» и пользователями информационно-аналитической системы являются хозяйствующие субъекты, осуществляющие деятельность в сфере племенного и товарного скотоводства, а также аттестованные племенные и дистрибьютерные центры. По состоянию на 1 января 2011 года в программе «Крупномасштабная селекция в скотоводстве» принимают участие 832 хозяйствующих субъектов из них племенных хозяйств 191 и товарных 641 (91 % от общего числа зарегистрированных в стране). Общая численность поголовья крупного рогатого скота участников КМС составляет 364 761 голов, в том числе - 142 538 коров.

Внешними пользователями ИАС КМС являются: Министерство сельского хозяйства Республики Казахстан, АО «КазАгроИнновация» и его научно-исследовательские организации, профильные учебные заведения, сеть независимых экспертов-бонитеров, лаборатории по оценке качества молока и кормов, мобильные группы по трансплантации эмбрионов.

Администратор ИАС КМС – ТОО «Научно-инновационный центр животноводства и ветеринарии» – создано в 2009 году и является дочерней компанией АО «КазАгроИнновация». Основные направления деятельности НИЦЖиВ: организация работы по сохранению, размножению и использованию ценного генофонда животных, а также мониторинг селекционного процесса; совершенствование биотехнологических методов воспроизводства и генетической идентификации маркеров продуктивности; внедрение инновационных технологий по содержанию и кормлению сельскохозяйственных животных, а также научное обеспечение развития кормопроизводства и пастбищного хозяйства; совершенствование сертификации, стандартизации и контроля биоветпрепаратов, продуктов и сырья животного происхождения; внедрение инновационных решений в сфере ветеринарии.